江戸時代末期、有効な治療法がなく多くの人の命を奪ってきた痘瘡（天然痘）。福井藩の町医者・笠原良策は、その痘瘡に有効な「種痘（予防接種）」という予防法が異国から伝わったことを知り、京都の蘭方医・日野鼎哉に教えを請い、私財を投げ打って必要な種痘の苗を福井に持ち込んだ。しかし、天然痘の膿をあえて体内に植え込むという種痘の普及には、さまざまな困難が立ちはだかる。それでも良策は、妻・千穂に支えられながら疫病と闘い続ける。