IMFの凄腕諜報員イーサン・ハントは第一線から退き、現在は教官として新人諜報員たちの育成にあたっていた。私生活では恋人ジュリアとの結婚を控え、幸せな日々を過ごしている。ある日、教え子リンジーが任務中に敵に捕らえられたことを知ったイーサンは、自ら救出作戦に乗り出す。そんな彼の前に凶悪な武器商人デイヴィアンが立ちはだかり、イーサンの正体を知らない恋人ジュリアの命までもが危険にさらされてしまう。