雄大な自然の中で休暇を過ごしていたIMFの凄腕諜報員イーサン・ハントのもとに、組織から新たな指令が届く。

今回の任務は、元IMF諜報員であるテロリストのアンブローズに強奪された殺人ウイルスとその解毒剤を奪還すること。

作戦に必要な女泥棒ナイアを仲間に引き入れるよう命じられたイーサンはナイアに接触を図るが、思いがけず彼女と恋に落ちてしまう。