名門進学校・椚ヶ丘中学校の落ちこぼればかりが集められた3年E組に、突如として謎のタコ型生物が現われた。

すでに月の7割を破壊したというその生物は、1年後に地球の破壊も予告しており、多くの刺客や軍隊が暗殺を試みるも全て失敗に終わっていた。

そして謎の生物は、自らの希望で椚ヶ丘中学校3年E組の担任に就任。

通称・殺（ころ）せんせーの暗殺を政府から秘密裏に依頼された3年E組の生徒たちは、様々な手段で暗殺に挑む一方で、意外にも生徒思いな殺せんせーのもとで成長していく。